对植物进行分类，有两类方法：人为分类法和自然分类法。

早期的植物分类是人们按照自己的方便或植物的用途，选择植物的一个或几个特征作为标准进行分类，也就是人为分类法。人为分类法有很多分类方式，例如可以按茎的形态分为乔木、灌木、藤类、草本；按植物的用途分为经济作物、观赏植物等等。

广义的植物界可以根据一定特征划分成不同的基本类群，如藻类植物，菌类植物，地衣植物，苔藓植物，蕨类植物，裸子植物和被子植物。

百合属于百合科，是被子植物

然而更加科学的是，按照进化的观点，来自共同祖先的植物，具有相似的遗传性，表现出形态、结构、习性等方面的相似。根据亲缘关系进行分类，称为自然分类方法。这种方法可以说明植物间的亲缘关系，反映生物学特性的异同。

这种分类方法利用界、门、纲、目、科、属、种等的分类单位，按照其高低和从属关系顺序地排列起来，这就是分类的阶层系统。其中界>门>纲>目>科>属>种；有时在各主要分类等级中还需要用到一些亚单位，如：亚门，亚纲，亚目，亚科，亚属，亚种等。

关于植物的自然分类，不同的学者提出了不同的分类系统，比较常用的有：恩格勒系统、哈钦松系统、克朗奎斯特系统、塔赫他间系统等。