蓝藻门有1纲，即蓝藻纲(Cyanophyceae)，包括3个目：色球藻目、管胞藻目和颤藻目，约150属1500种。生活习性有水生、气生、内生、寄生、共生等。

蓝藻门多呈蓝绿色，故又称蓝绿藻(blue green alyae)。藻体有单细胞、非丝状群体或丝状体等多种形态。蓝藻不具鞭毛；有细胞壁，其主要成分为肽葡聚糖(peptidoglycan)，绝大多数蓝藻的细胞壁外具有一层胶质鞘(gelatinous sheath)，主要成分是果胶酸和粘多糖。蓝藻原生质体分化为中央质(centroplasm)和周质(periplasm)两部分。中央质有裸露的环状DNA分子，没有组蛋白与之结合，无核膜和核仁，但有核的功能，故称为原核(prokaryon)或拟核(nuclevid)。周质位于细胞壁的内侧，其中无质体、线粒体、高尔基体、内质网、液泡等细胞器，在电镜下可见周质中有很多由膜形成的扁平囊状结构，称类囊体(thylakoid)，光合色素均存在于类囊体的表面。其光合色素有叶绿素a、β胡萝卜素、叶黄素和藻胆素。细胞中贮藏的营养物主要是藻蓝淀粉(cyanophycean starch)和蓝藻颗粒体(cyanophtcin)，即较大的蛋白质颗粒。

单细胞和群体的蓝藻主要靠细胞分裂、群体破裂繁殖；丝状体除细胞分裂、丝状体长大外，还靠藻殖段断离，丝状体条数增多；极少数种类可进行孢子繁殖。

念珠藻属(Nostoc)。植物体为单列细胞丝状体，外面有共同的胶质鞘，许多丝状体聚集形成胶质块或球。细胞呈圆形，由原核细胞构成，周质中有许多光合片层，含有叶绿素a、β-胡萝卜素、蓝藻黄素、颤藻黄素、藻胆素等。丝状体中有大型、细胞壁厚、内部不含原生质体的异形胞。念珠藻的贮藏物质为蓝藻淀粉。繁殖方式有营养繁殖和无性繁殖。营养繁殖时从异形胞处断裂或藻殖段细胞分裂形成新丝体。无性繁殖时有些细胞增大，细胞壁增厚，细胞内充满营养物质形成厚垣孢子后休眠，条件适宜时，细胞壁破裂，细胞分裂形成新丝体(图10-1)。一般生长在潮湿地区或水流缓慢、有机质丰富的浅水生活环境中，有些种类生长在地面和岩石上。

著名的食用蓝藻有普通念珠藻[Nostoc commune Vauch.](俗称地木耳)、发状念珠藻[Nostoc flagelliforme Born. et Flah.](俗称发菜)、海雹菜[Brachytrichia quoyi (C. Ag.) Born. et. Flah.]、钝顶螺旋藻[Spirulina platensis]等(图10-2)。螺旋藻具有保健作用而被制成各种食品，并大量人工养殖。

念珠藻属
A.植物体 B.植物体部分放大 C.示营养细胞、异形胞和厚垣孢子

食用蓝藻 (引自张宪省、贺学礼)
A.B.普通念珠藻(A.外形 B.部分胶被中的1条藻丝) C.D.发状念珠藻(C.外形 D.部分胶被中的1条藻丝)
E～G.海雹菜(E.外形 F.横切面 G.横切面的一部分放大) H.钝顶螺旋藻

当水体处于富营养化状态时，一些漂浮性蓝藻在夏秋季节常迅速过量繁殖，在水表形成一层具腥味的浮沫，即“水华”或“水花”(water bloom)。水华的出现，将使水体的含氧量大大降低，导致鱼类等水生生物大量死亡。不少水华死后分解产生毒素，对水生动物、人、畜等带来危害。海洋中的赤潮，有些也是蓝藻引起的，能使海洋动物大量死亡。